東京から戻ったリリィー（小栗有以）とバラ（向井地美音）たちは、「革命の手段を思いついて…」とラマン（横山由依）からの電話を受ける。全校生徒の半数の署名を集めること以外にもう1つだけ、「生徒会を解散させる方法」がある。それは「オーナー命令」。
オーナーとは神崎ランド、Gグループの社長、つまりカイザー（本間日陽）の父親であった。娘が生徒会長を務める生徒会の解散命令は絶望的に思われたが、来月、講演会のために嵐ヶ丘学園にオーナーが来ることを知ったリリィーたちは革命を誓う。

講演会の日、卍（瀧野由美子）、ハカセ（雨野宮将明）、ガラケー（城恵理子）ら荒地工業高校の生徒たちも動き出し、厳重な警備体制の中、ガラケーは嵐ヶ丘学園のブラスバンド部の生徒に成りすまし公演会場に忍び込み…。

【華組】による革命が失敗した三ヵ月後、リリィー（小栗有以）は東京の雑踏の中にいた。
家出仲間のミズキ（松岡はな）、カスミ（小畑優奈）、リラ（山本彩加）と共に漫画喫茶に寝泊まりし、ライブハウスやカラオケ、ファミレスで過去の何かを振り払うかのようにくだらない毎日を過ごしていた。

リリィーは自分の話をしようとせず、東京の家出仲間は誰もリリィーの過去を知らなかった。
ある日、ミズキはふとしたことでリリィーのパソコン画面に「HANAGUMI」というアカウント名のSNSを見つける…。

革命決起集会を成功させた平民たちは、「新しい生徒会」を作るために前を向いて力強く動き始める。
ドブの生活から抜け出すため、ドライ（落合モトキ）は親衛隊・三番隊隊長への復職を求め「清水小百合に関する報告書」という、リリィー（小栗有以）が嵐ヶ丘にやって来た目的が書かれた書類を持参。カイザー（本間日陽）はその弱みに付け込みリリィーと契約を結ぼうとする。

生徒会規則 には「新しい生徒会を発足する場合、全校生徒の半数の署名を必要とする」と言う記載があり、【華組】は極秘で署名活動に動き出すが…。

一度は「革命決起集会」の開催を生徒会に阻まれた【華組】メンバーだったが、今度こそ集会を行うべく、【写真部】の部室で作戦を練っていた。
革命を起こす仲間を集めるリリィー（小栗有以）たちの動きに焦りを感じた生徒会副会長のビスマルク（荻野由佳）は、荒地の怪力ギガントコング（坂口征夫）を送り込もうとするが交渉は難航する。

「革命決起集会は明日の夜7時半から体育館で」
集合時間より早い時間に体育館のドアを叩く音が聞こえ、慌てるリリィー、ヒナ（岡部麟）、バラ（向井地美音）であったが…。

ツバキ（髙橋彩音）とアヤメ（山内瑞葵）もメンバーに加わり【華組】は強力な自衛集団に成長していった。

【華組】は充実した学園生活を送るために新しい生徒会を作ることを決意し、ラマン（横山由依）に顧問になってほしいと依頼する。顧問になることを躊躇するラマンは、少し前に休部になった【写真部】へ入ることを提案。
誰も使っていない【写真部】の部室には「革命を起こそうとする同志諸君へ」と書かれたファイルがあり、嵐ヶ丘学園を変えたいと思う人たちが過去にもいたことを知る。

【華組】は、ファイルに書かれていた「革命決起集会」を行おうとするが、その情報が生徒会に漏れてしまう。

ある日、元親衛隊の狂犬ジャック（廣瀬智紀）にスミレ（倉野尾成美）が刺される事件が起こり…。

「ユートピア嵐ヶ丘」では覆面姿の怪物・魔人Gに平民たちが襲われる事件が頻発。犯人はカイザー（本間日陽）たち生徒会に雇われた【荒地】の人物と噂されていた。
リリィーの百合の花に憧れた、ヒナ（岡部麟）、バラ（向井地美音）、スミレ（倉野尾成美）は生徒会に立ち向かうため【華組】を結成する。

ある日、【華組】に憧れる平民1年生のツバキ（髙橋彩音）が何者かに襲われる。
「反逆者ニ制裁ヲ」。
犯人からの脅迫状に恐れる嵐ヶ丘学園の平民たちはリリィー(小栗有以)を「反逆者」扱いする。

怒りに震える【華組】は犯人退治へと繰り出し…

カバ（城戸康裕）との戦いにも勝利したリリィー（小栗有以）は嵐ヶ丘学園の平民のヒーローとなり、クラスメイトたちから悩み相談や仕事の依頼が来るようになっていた。
一方、リリィーに二度も負けたドライ（落合モトキ）は親衛隊から追放。【荒地】最強の番長として君臨していたカバが負けたことで、【荒地】は無法地帯となり、喧嘩やカツアゲがたびたび起こるように。

「ユートピア嵐ヶ丘を独立国家にする」という野望を邪魔されカイザー（本間日陽）は次なる刺客として【荒地】の死神ジョー（鈴木貴之）をリリィーの元へ送り込む。
そんなある日、バラ（向井地美音）の母親が営む手芸店「手芸のクワバラ」が放火される事件が起き…。

生徒会へ背いたリリィー（小栗有以）は、取り締まりに現れたカイザーの親衛隊・三番隊隊長のドライ（落合モトキ）との戦いに勝利。私立嵐ヶ丘学園は謎の転校生の登場にざわついていた。
生徒会副会長のビスマルク（荻野由佳）ら生徒会メンバーは、戦いに敗れたドライを激しく責め立てる。

そんなある日、【荒地】のカバ（城戸康裕）ら不良たちがカイザーとの契約により、リリィーの元へと動き出す。【荒地】はユートピアっ子が恐れ、遠ざけていた荒んだ町。

カバはリリィーを誘き出すために、ヒナ（岡部麟）を人質とし…。

「ユートピア嵐ヶ丘」は、日本有数の企業である不動産会社【神崎（ごうさき）ランド】によって作られた寂れたニュータウン。そこに暮らす朝陽日奈／ヒナ（岡部麟）、桑原郁美／バラ（向井地美音）、山本菫／スミレ（倉野尾成美）は私立嵐ヶ丘学園に通う1年生。この学園では裕福な生徒とそれ以外の生徒が“選民”と“平民”に分けられ、厳しいヒエラルキーが存在していた。

ある日、生徒会による緊急集会が開かれ、新たな生徒会長として神崎亜蘭／カイザー（本間日陽）が就任する。
「平民たちは、上を見るな、下を見ろ。」
嵐ヶ丘学園の頂点に君臨するカイザーによる突然の命令に戸惑う生徒たち。

そんな中、ヒナたちのクラスに謎の少女・清水小百合／リリィー（小栗有以）が転校してくる。ごく普通の地味な転校生。そんな第一印象だったが…。