ジェームズ・コール
アーロン・スタンフォード / 声:小松史法
人類の９９％を死滅させたウイルスの拡散を阻止するため、２０４３年の世界でタイムトラベラー（＝スプリンター）として歴史を変える任務を任される。目的を果たすために、危険な行動をとることも…。
カサンドラ（キャシー）・ライリー博士
アマンダ・シュル / 声:甲斐田裕子
優秀なウイルス学者。未来からやってきたコールの話を半信半疑でいたが、行動を共にする中で現実だと受け入れるようになる。強い意志と行動力でウイルスの拡散を防ぐことに尽力する。
ジェニファー・ゴインズ
エミリー・ハンプシャー / 声:井上カオリ
精神不安定でおかしな言動を繰り返す天才数学者。ウイルスの開発者とされるリーランド・ゴインズの娘で、厳重警備の下、精神病院に隔離されている。12モンキーズの謎の鍵を握る存在。
カタリーナ・ジョーンズ博士
バルバラ・スコヴァ / 声:加良まゆみ
人類を救うためにタイムマシーンを開発した天才物理学者。ウイルスを消滅させることに強い使命感を持つ一方、過去に秘密があり…。
ホセ・ラムゼ
カーク・アセヴェド / 声:北島善紀
コールと幼いころから兄弟のように育った親友。慎重で他人を信用しないタイプだが、コールへの信頼は厚い。
アーロン・マーカー
ノア・ビーン / 声:古屋家臣
ロイス上院議員の首席補佐官。ライリーの恋人だったが、コールが現れたことをきっかけにその関係はぎくしゃくし始める。それでもライリーのことを心から愛していて、彼女のために力を尽くそうとする。
青白い男
トム・ヌーナン / 声:堀越富三郎
神出鬼没で冷徹。12モンキーズの秘密を追うコールたちをことごとく邪魔する謎の存在。
