一颯（菅田将暉）が倒れた―――。
それから約2時間後、時刻は3月4日午後10時30分から物語は始まる。
一颯を心配するさくら（永野芽郁）らの一方、その隙を見て生徒たちは手分けして脱出方法を探り、閉ざされていた美術準備室の扉を破ることに成功。そして彼らは没収された携帯電話やカバンを回収し、外部との連絡手段を獲得する。

様々な人間からの生存報告、そして一颯が倒れたという情報が瞬時に拡散していく。
その報を聞いた警察は動きだし、SITの突入を決意する。……突入まで時間はない。
そんな中、美術準備室の床から下の階の教室につながる扉が開き、殺されたはずの中尾（三船海斗）、里見（鈴木仁）、西崎（今井悠貴）、瀬尾（望月歩）、瑠奈（森七菜）、美咲（箭内夢菜）が見つかる。まさかの事態に喜ぶ生徒たち。

しかし、なぜか神妙な面持ちの里見たち。彼らは、脱出を試みようとする生徒らに「自分たちは学校から出るつもりはない」と告げ、さらには「先生と一緒にこのまま学校に立てこもってほしい」と他の生徒に訴える……。その真意とは。
たった55分間の激動の物語。争いと葛藤。彼らそれぞれが取る、選択とは……。
―――この1時間が、「3年A組」の大きな岐路となる。