内湾の波打ち際や沿岸や海岸線に生息するマガキと異なり、外洋の海底に生息していることが多い。
どちらも夏に産卵期を迎えるが、マガキが一定期間に集中して産卵するのに対し、岩牡蠣は7～11月にかけて少しずつ産卵するため、夏でも味が落ちにくい。そのため、岩牡蠣は別名「夏牡蠣」とも呼ばれ、夏の時期が旬。また、牡蠣は、時間が経てば経つほど大きく育つため、約1年で収穫されることが多い養殖のマガキより、天然ものの岩牡蠣のほうが大きいものが多く見受けられる。達也が自分の顔程の巨大岩牡蠣を見つけたのもこのため。