キレイな水の河川域に生息する川魚。
多摩川では、一時期絶滅しかけたが、近年、水がキレイになってきたことから上流部には戻ってきた。
オスは、夏の産卵期になると臀ビレが伸長するとともに、緑色や橙色の鮮やかな婚姻色に彩られ、頭部やヒレに多数の追星が出現する。一方、メスでは大きな変化は見られない。
川の浅瀬にオスとメスの親魚がペアになり底石の表面に卵を産み付ける。

アメリカ原産の外来種で、1960年頃のルアー釣り人気がきっかけで全国的に広まった。
釣りの世界では、「ブラックバス」とも呼ばれる。
多摩川、荒川、江戸川水系の中流から下流域、奥多摩湖や水元・井の頭・洗足の各公園の池などで繁殖が確認されている。
繁殖力が強く、肉食性であるため、もともと棲んでいた在来種を食べ尽くしてしまう問題も。
各都道府県は条例で放流を禁止し、駆除なども行われている。

比較的、水質汚染に強く、都市部の川や池などに多く生息する淡水魚。
東京では各河川の中・下流域や湖沼に生息する。
食用としても利用され、江戸時代には鯛やカツオと並ぶ三大高級魚として珍重された。
産卵期は、4月～6月。主に河川中・下流域や湖沼の水草の茂みなどに産卵。

在来のメダカは、兵庫県北部を境にキタノメダカとミナミメダカに分かれる。
日本の田園風景でよく見られたが、昭和30年以降、全国的に田んぼが減り、川もコンクリート化。
平成11年2月19日、環境省が在来種のメダカを国の絶滅危惧種に指定した。

口が上向きで小さいことから、別名「クチボソ」とも呼ばれる淡水魚。
東京では多摩川、荒川、江戸川水系などの中流から下流部に生息。
産卵期は5月～7月。水草の茎や石の表面など比較的硬いものの表面に産み付ける。
その際、オスは卵の付着面を掃除する。オスは卵に放精した後、卵を守り、さらに別のメスを導いて産卵、放精を行う。
新宿などの都市部ではかなりめずらしく、幻と呼ばれるほど。