在来のメダカは、兵庫県北部を境にキタノメダカとミナミメダカに分かれる。
日本の田園風景でよく見られたが、昭和30年以降、全国的に田んぼが減り、川もコンクリート化。
平成11年2月19日、環境省が在来種のメダカを国の絶滅危惧種に指定した。