かつて病院で担当していた患者・冴島直明（土屋陽翔）の姉が、6年2組の児童・冴島啓（岡本望来）だと知った牧野（松下洸平）。牧野を慕う直明のために、啓は保健室の悪いウワサを流して牧野を小学校から追い出し、病院に戻そうとしていたのだ。

牧野が小学校に赴任した後、直明の主治医となった咲間（吉沢悠）は、春頃には直明の手術ができるのではないかと母・環（ソニン）らに話す。退院することになった直明は喜ぶが、我が子の体調を第一に考える母から、学校に行くことを許してもらえない。

しかし、好奇心旺盛な直明は、環が留守の隙を狙って外出。啓は一緒についていくが、学校に忍び込んだ直明は啓の目を盗んで校内の探険に出かけてしまう。同じ頃、学校で怪談ツアーをしようと隠れていた拓真（柊吾）、宏哉（吉田奏佑）、大和（山口暖人）と出会った直明は、6年生の彼らと「友達」になる。一方、啓は学校で唯一直明のことを知っている牧野に助けを求め、一緒に直明を探すが、直明の体調は学校探険の途中で徐々に悪化していた…。