ゴーレムが蔓延る終末世界で、仲間の死や響（竹内涼真）との別れを経て、人類最後の希望の都市「ユートピア」に辿り着いた明日葉（玉城ティナ）と佳奈恵（飯豊まりえ）。ユートピア創設者の娘である明日葉は、元婚約者の冬馬（柿澤勇人）にタワーの上層部へ招かれ、かつての文明を取り戻した理想郷の姿に感激する。

一方アンダーと呼ばれる地下へと連行された佳奈恵と加州（溝端淳平）が目撃したのは、劣悪な環境で奴隷のように暮らす人々。実はユートピアの真の姿は、人間の価値によって選別される絶対的な上下世界だったのだ――。そんな中、反乱軍「レジスタンス」の奇襲によりタワーとアンダーは一触即発の危機に陥る。