ストーリー
医薬品を求め、海路から駐屯地に乗り込む覚悟を決めた響（竹内涼真）たち！途中、小島に停泊した彼らは、かつて敵対した刀集団の坪井（小久保寿人）たちに遭遇する……！
外部から孤立した駐屯地では、撤退を主張する自衛隊司令官の牛込（神保悟志）と、このまま駐屯地でワクチン開発をすべきだという首藤（滝藤賢一）の間で意見が対立。首藤は自衛隊内部で力を増していた。
そして響が死んだと思い絶望に沈む来美（中条あやみ）は、幼い愛奈（新津ちせ）を助けられなかった責任を感じ、危険なワクチン開発の実験台に名乗り出る！注射を打たれた来美は、響の姿を思い出しながら意識が混濁していき……。
一方響は、坪井を説得し共に駐屯地を目指していた。出発直前、周囲と距離を置く謎の男・御前崎（宇野祥平）から「行ったら、あんた、心底人を憎むことになるぞ」と不吉な言葉をかけられる響……。さらに駐屯地に向かう船上で、ミンジュン（キム・ジェヒョン）の姉が“Dr.Shuto”という医者とワクチン開発をしていることを知る。それは、響の記憶に深く刻まれていた名前だった……。
そんな中、駐屯地では牛込が謎の失踪を遂げる。自衛隊内部に不協和音が生じる中、避難者たちの間でも隔離生活の不満が爆発！首藤は駐屯地にいれば優先的にワクチンが打てると話し、避難者たちの支持を得る。
そしてついに、響たちが駐屯地に到着！地下通路から侵入を試みる中、響は見張りがいないことを不気味に感じるが……。響、そして来美の間に巨大な罠が待ち構えていた！
薬を求め、駐屯地の実験室までたどり着いた響たちは、ゴーレム化した幼い愛奈と遭遇！佳奈恵（飯豊まりえ）を助けるためゴーレムを倒す響だが、その様子を物陰から見ていたのは愛奈の兄・勝利（田中奏生）だった……。勝利は妹を殺した響をテロリストだと思い、憎しみを募らせる……。
薬を手に入れ、再び外を目指す響たち。しかしその時、一瞬響の目に入ってきたのは、等々力（笠松将）に手を引かれた来美の姿だった！監禁された部屋から脱出した等々力が、臨床実験で朦朧としている来美を見つけだし、一緒に逃げようとしていたのだ。医薬品を佳奈恵に託し、来美の後を追って暗い地下通路を進む響。一方、響の先を行く等々力は、ひらけた場所にたどり着く。そこには、なんとゴーレム化した牛込が椅子に縛られていて……！絶句する等々力。その時、突然何者かに注射を打たれた等々力は意識を失う……。
そして、響は暗闇の中、ついに来美の手を掴む！しかし、引き寄せようとした次の瞬間、後頭部を殴られ……。気を失った響の背後に立っていたのは、ジアン（玄理）だった。
一方、地下通路の入り口では、仲間たちが響の帰りを待っていた。響を助けに戻ったミンジュンと佳奈恵に代わり、必死に坪井を説得する甲本（マキタスポーツ）だが、痺れを切らした坪井は先に島に戻る選択をする。
その夜——— 。椅子に縛られた状態で意識を取り戻した響の目に入ってきたのは、鎖に繋がれたゴーレムたち、そして、首藤の姿だった。かつて響の母の主治医だった首藤は、響とほぼ同型の女性の遺伝子がすでに解析されていると言い、さらなるデータ蓄積のために響を実験材料にすることを思いついたと語る……。その女性とは、来美とは別の、響と近しい女性だと言うが……。その時、突然停電が起きる！冷凍保存装置の温度が上がっていることを知った首藤は血相を変えると、「ゴーレムに転化した後で、また会おう」と言い残し、研究室へ。残された響の前に現れたのは、咆哮を上げる牛込のゴーレムだった！迫り来るゴーレムから必死に逃げようとする響！追い詰められたその時、佳奈恵とミンジュンが現れ、響を助け出す！九死に一生を得た響は、必死に引き止める佳奈恵の手をほどくと、再び来美を探しに一人戻って行く……。
その頃、意識を取り戻した来美は、暗い実験室で立ちすくむ勝利に再会していた。電気をつけるとそこには、幼い愛奈の亡骸が……。「テロリストにやられた」と嗚咽を漏らす勝利を前にし、その絶望に触れた来美は「愛奈ちゃんをあんな目に合わせた奴は、私が必ず殺す」と冷ややかに虚空を見据える。その相手が響だとは知らずに……。
一方、来美を探して研究室にたどり着いた響は、『001』と書かれ鎖に繋がれた一体のゴーレムに遭遇し、言葉を失う。それはなんと、遥か昔に亡くなったはずの響の母・琴子（臼田あさ美）のゴーレムだった……！
