一はじめ(道枝駿佑)達が、舞台“オペラ座の怪人”を見るため、音楽家の響(霧島れいか)がオーナーをつとめるオペラ座館へとやってきた。ヒロイン役の人気女優、湖月レオナ(山本舞香)に会えることもあり美雪(上白石萌歌)も佐木(岩﨑大昇)も大喜び。

関係者によるレセプションの中、劇団を辞めた氷森(七瀬公)がレオナに接近するが、劇団員の三鬼谷(六角慎司)に激しく拒まれる。他の劇団員、いずみ(石川萌香)や城(増田昇太)も、レオナの引き抜きを異常に警戒していた。

やがてリハーサルが始まり、演出家の影島(コング桑田)の指示で、いずみがステージの中央に立つ。しかし次の瞬間、シャンデリアが落下し、いずみが絶命する…！

ライターの白神(戸塚純貴)は、館に潜むファントムという怪人の仕業だと言う。その影は、剣持警部(沢村一樹)やレオナの前にも現れ、新たな惨劇が起こってゆく…。

実は3年前、この劇団には火事で顔に大やけどを負いつつも、ファントムを熱演した天才俳優、霧生(古川雄大)がいた。後の不幸な運命から彼はファントムと呼ばれていて…。全ては嫉妬に身を焦がしファントムと化した霧生の仕業なのかと怯える劇団員。

オペラ座館の地下迷宮で一はじめが見たものとは…！？