原田（古田新太）が「他にやりたいことがあるから」と言って、豪林館学園高校を辞めた。その後、古賀（荒川良々）や田中（桐山漣）をはじめ男性教師たちが女装して授業をするように。それは、原田と交わした約束だった。

原田の不在に寂しさを感じる２年３組の生徒たち。彼らは、原田がやりたいことは何だったのか、今頃何をしているのかと話し合う。明智（永瀬廉）は、原田がやりたいと言っていた卒業式をやろうと提案。他の生徒たちも明智のアイデアに賛成し、２年３組だけの早めの“卒業式”をやることに。若林（長尾謙杜）らみんなが盛り上がる中、東条（道枝駿佑）は複雑な思いを抱えていた。

東条が屋上で昼食を食べていると、明智と若林がやってくる。明智は、東条の様子が気になっていた。東条は、原田に対する複雑な感情を打ち明ける。東条は、原田が学校を辞めた本当の理由は体の具合が悪いからではないかと思っていた。原田に卒業式のことを伝えるため、東条は長井（松下奈緒）に原田の家を教えてほしいと頼む。長井は、東条を連れて病院へ向かう。東条が心配した通り、原田は入院していた。

東条から「卒業式に来てほしい」と言われ、「行ってあげる」と原田は「卒業式」に行くことに。そして、２年３組と原田のための“卒業式”当日を迎え……。