明智（永瀬廉）が学校に来なくなり、退学届を提出した。寺尾校長（いとうせいこう）、長井（松下奈緒）、原田（古田新太）は、明智と話し合うことに。校長たちが明智の父・純一（板尾創路）と話したいと言うと、「呼んでも絶対来ないですよ」と答える明智。原田がなぜ辞めたいのかと尋ねても、明智は答えようとしない。２年３組の生徒たちにも、明智が退学届を出したことが知れ渡る。

長井は純一に会うため、明智の家を訪ねる。明智は家を出て、父とは暮らしていなかった。純一は自らの過ちをきっかけに仕事を失って以来荒れてしまい、家族に暴力を振るうように。明智の母は家を出ていき、明智は母が彼のために残した200万円を使って生活するしかなかった。そのことを知った純一は、200万円は自分の金だから返せと明智に要求していた。純一は長井に向かって、金を稼いで返してもらうために明智には学校を辞めさせると言い放つ。

原田と田中（桐山漣）は、東条（道枝駿佑）と若林（長尾謙杜）から明智の家庭事情を聞く。明智が父親のせいで学校を辞めるかもしれないと聞いた東条は、自分が明智を誤解していたと気付く。そんな東条に原田は、仲直りを手伝ってもいいと提案。一方、若林は、自分をいじめた明智をまだ許すことができないでいた。明智の居場所を突き止めた原田は東条たちに、明智を迎えに行ってほしいと頼む。

東条たちは、明智のアルバイト先へ向かう。東条が「一緒に来てほしい」と言うと、明智は拒絶。その時、原田から田中に電話がかかってくる。原田は明智に向けて「お前の父親は預かった！」と誘拐犯のようなセリフを言って電話を切る。
明智たちが原田の指定した場所へ向かうと、原田と純一、さらには２年3組の生徒たちが待っていて…。