小比類巻（ディーン・フジオカ）は榊原（加藤雅也）に連れ去られた愛娘の星来（鈴木凜子）を救うため、単独行動に走る。警察は榊原を指名手配し、都内全域に緊急配備を敷く。長谷部（ユースケ・サンタマリア）は、連絡が取れなくなった小比類巻が気がかりでならない。
小比類巻は星来を連れ去った黒いバンの行方を捜していた。黒いバンは盗難車で、車を盗んで売り払ったのは自動車整備士の坂本だった。とぼける坂本から、力づくで車を売った相手を聞き出そうとする小比類巻。完全に冷静さを失い暴走しはじめていた———。
小比類巻が警察官にあるまじき行動をしていることが警察内で広まり、島崎（板尾創路）は警務部の監察官・守矢（久ヶ沢徹）と金城（藤重政孝）から、小比類巻の行方を問い詰められる。
最上（岸井ゆきの）は、プロメテウス・ウイルスの変異株を無力化する方法を模索する。星来がプロメテウス・ウイルスに感染させられた場合、数時間で死に至る可能性が高い。
「このウイルスの後始末は、私がやらなきゃダメなの」
星来を助けるため、最上は自らの全精力を傾ける。
長谷部のもとに、小比類巻から連絡が入る。小比類巻は、警察内部に西城（平山祐介）と内通している人間がいると指摘。長谷部は、それが捜査一課の梶原（佐々木一平）だと気付く。小比類巻は梶原を追い、西城の手下・鶴本（青木健）と接触する現場に遭遇する。
長谷部が梶原のマンションに捜索に入ると、室内はすでに荒らされた後だった。マンションの監視カメラには、鍵をこじ開けて侵入する小比類巻の姿が映っていた。小比類巻は、越えてはいけない一線を越えてしまったのか？ショックを受ける長谷部。小比類巻の行動は警察中に知れ渡り、小比類巻の身柄確保の命令が下りる。
小比類巻は警察の追手をかいくぐって榊原の行方を追い、とある埠頭にたどり着く。そこで小比類巻が見たのは、西城の手下に捕えられた最上だった。小比類巻は、最上を助けようとするが———！？
それぞれの立場で、星来を救うために奔走する科学犯罪対策室。小比類巻たちは、不老不死を目論む榊原の暴走を止められるのか！？
以下 ネタバレを含みます
西城を捕えて榊原のいる場所まで案内させた小比類巻は、拉致された最上を目撃。一方、警察内部では、小比類巻の行き過ぎた単独捜査が問題になっていた。島崎は、警務部から小比類巻の処分を迫られる。島崎は、自分の命令で小比類巻が動いていると言い、「捜査妨害だ」と監察官を一喝、小比類巻を守るのだった。
榊原は、孤島にある研究室で星来を眠らせて実験の準備を整えていた。最上は、モニター越しに無菌室で眠る星来の映像を見せられる。
「この子を救えるのは、君だけだ」
榊原は最上から、星来がプロメテウス・ウイルスに感染しても死なない手段を聞き出そうとする。最上は星来の解放を約束させ、その方法を明かす。最上が考え出したのは、君塚の開発したナノマシンを改良して利用するという方法だった。プロメテウス・ウイルスに感染させた後でナノマシンを投与し、ウイルスの免疫機能が暴走して、細胞を破壊するスピードと、ナノマシンによる細胞修復のスピードを一致させれば、ウイルスは星来の体と共存できる。最上は、獄中の君塚と面会し、ナノマシンについての情報を得ていた。最上の説明に納得した榊原は、星来にウイルスを投与してしまう。
「最後の審判が始まるんだ」
野望の達成が目前に迫り、悦びに震える榊原。30年前、榊原は茂吉による“悪魔の子事件”が原因で所属していた研究室を追われた。世間からは激しい誹謗中傷を受け、榊原の母は自殺してしまった。絶望した榊原に手を差し伸べたのは、カーン（安藤政信）だった。カーンは、不老不死を追求する榊原に援助を続けていた。
最上は、榊原のいる孤島の研究所に連行されていく。最上を救おうとする小比類巻の背後から、西城が襲い掛かる。激しい格闘の末に西城を倒すものの、小比類巻にもう余力は残っていなかった。最上を追おうとして、倒れてしまう小比類巻。彼の前で、最上の乗ったヘリコプターが孤島へ向けて飛び去る。
長谷部ら応援部隊が埠頭に到着したが、すでに誰もいなかった。その時、小比類巻から電話連絡が来る。小比類巻は長谷部に、埠頭で起こった一部始終を知らせ、ヘリコプターの行方を追うようにと頼む。
最上は、孤島の研究所で待っていた榊原と対峙。星来は、無菌室で眠らされていた。
「急がないと、この子の命はない」
怒りを堪え、星来の命を救うナノマシンの改良に臨む最上。小比類巻は、最上と星来を救うため、榊原の研究所を目指す———！