伏見響介（亀梨和也）たちが、KSBCでの業務を本格的に開始する中、KSBCに「人を殺した」という電話が入った。

遺体を捨てる様子を監視カメラに敢えて映し、捜査員を挑発する犯人。現場に向かった伏見と湊川（シシド・カフカ）は、遺棄された男女のうち、男性の生存を確認。そして、殺された女性の胸ポケットから、犯人のメッセージが書かれた手帳を発見する。

手帳に書かれた暗号を、小牧（松村北斗）はアッサリ解読。すると犯人は、暗号の内容を新聞社のサイトで16時に発表するよう指示してきた。山崎（木村祐一）は、犯人が“ゾディアック事件”を模倣していることを看破。島原（松下奈緒）は、模倣犯の出現を防ぐため、16時までに犯人を確保するよう指示する。

長篠（趣里）たちが地道な捜査を続ける中、犯人に刺された男性・蠣崎（忍成修吾）が意識を取り戻した。殺された女性と蠣崎が結婚目前だったと聞かされ、自分の過去を思い出す伏見。一方、KSBCには犯人の漆川（般若）から新たに連絡が入り、男が１人監禁されていることが判明し…！