鵜久森（芦田愛菜）が非業の死を遂げて以来、休校が続く鳳来高校。校内の立ち入り禁止区域で起こった悲劇は世間の注目を集め、教員たちはマスコミの対応に追われるが、鵜久森の身に一体何が起きたのか…その真相は依然として分からないまま。

かけがえのない教え子を亡くして失意の九条（松岡茉優）は、運命を変えられなかった自分を責めながら鵜久森の葬儀に出かける。そこで出会った鵜久森の母・美雪（吉田羊）から受けた意外な言葉に、ふさぎ込んでいた九条の心は突き動かされることに……。さらに、夫･蓮（松下洸平）の支えにも胸を打たれ、やがて顔を上げる九条……！鵜久森の死を“運命”で片付けてはいけない…。彼女を『命を失った生徒』ではなく、『最後までその命を燃やし生き抜いた生徒』であったと証明するため、九条は29人の生徒が待つ3年D組の教室へと向かった——— 。

誰かと『向き合う』とは何か。取り返しのつかない出来事に残された者はどうすべきなのか。
鵜久森という一人の生徒を通して、一生忘れることの出来ない魂の授業が、今ここに開講する……。