今宮食品との通称「009特許」を巡る争いが決着し、安心したのも束の間。今宮食品から「009特許」を買い取った「総合発明企画」から、特許権侵害の訴訟に関する連絡が届き、代表の芹沢（鶴見辰吾）が月夜野に乗り込んできた。大事な『カメレオンティー』の発売を前に、穏便な問題解決を願う月夜野サイドに、芹沢は１億円の和解金の支払いを要求する。
和解金の支払いの猶予は１週間。そんな中、開発部長の高梨（常盤貴子）が、かつて、特許を食い物にする“パテントトロール”の「太陽新社」に所属していたことを知った亜季（芳根京子）は、衝撃を隠せない。芹沢が提示した１億円には、特許権侵害の賠償金だけでなく、高梨の過去に関する口止め料が含まれていたのだ。
月夜野と高梨を守るためには、和解金を支払うか、「009特許」に特許性がないと証明するしかない。亜季と北脇（重岡大毅）は特許の無効化のために必要な論文を手に入れようとするが、そう簡単に見つからない。一方、芹沢は、高梨に急接近し…！
高梨への不信と不安に月夜野が包まれる中、又坂（ともさかりえ）の先輩・中野（板尾創路）の研究を奪った過去を認めた高梨。
そして彼女が、ハッピースマイルの知財部員と会っていたことも明らかになり…！
高梨は本当に特許を利用して、人を騙すようなことをしていたのか！？問題解決のために奔走する亜季と北脇は、真実を掴み、芹沢との戦いを無事に終わらせることができるのか？
高梨への不信が募る中、月夜野に知財部を作った張本人である高梨を信じようと決意した亜季は、ハッピースマイルと中野から話を聞こうと提案。亜季に背中を押された又坂が中野の行方を探ることになり、北脇が亜季と共にハッピースマイルに向かうことになる。
北脇は、月夜野と同じくハッピースマイルも「総合発明企画」に狙われているのではないかと睨んでいたのだ。２人の話を聞いた田所（田辺誠一）は、高梨がハッピースマイルに来た理由を説明。そして、高梨の過去についても語り始める…。
中野の研究を善意でサポートしていたものの、芹沢に騙されて彼から特許を奪う形になったことを後悔し、自らの過去と向き合ってきた高梨。高梨の思いに触れた亜季は、芹沢との戦いを続けたいと主張するが、高梨は増田（赤井英和）に退職願を提出してしまう。
和解金の支払い期限が迫り、社内に諦めの声があがる中、「ビジネスにときには正義があってもいい」と亜季と共に文献捜索に励む北脇。
一方、中野と再会した又坂は、特許の出願書類に最初は中野の名前が書かれていたことを知る。
そして芹沢との話し合いの日がやってきた。「009特許」について書かれた論文を提示されても強気な態度を崩さない芹沢に、月夜野を辞めて芹沢の悪事を世間に公表すると宣言する高梨。
増田は高梨の退職願を破り捨て、彼女を守ると啖呵を切るが、そこに又坂が飛び込んでくる。中野の名前で提出された特許が、芹沢の手で書き換えられていた証拠が見つかったのだ。
「太陽新社」時代からの悪事を隠しきれなくなった芹沢は月夜野との戦いを諦め、高梨は中野とも和解を果たした。ようやく月夜野に平和が戻ったが……