炸裂音と共に膝から崩れ落ちた石川（増田貴久）。その胸は銃で撃ち抜かれていた！混乱しながらも必死に止血する樋口（唐沢寿明）だが、意識を失った石川の血は止まらない。一方、屋上を飛び出したひかり（真木よう子）は、隣のビルから逃走した狙撃犯と久遠（安藤政信）を追う。雑音の中、ひかりの耳が捉えたのは、隣のビルから逃走する“聞き慣れた足音”。その音の先にいたのは、顔に火傷の痕が残る重藤雄二だった！
「来るな」ひかりを牽制する重藤は、現場から走り去る。
一方、病院に運ばれ救命処置を受ける石川は、生死の淵をさまよっていた。樋口の必死の呼びかけは、石川に届くのか……！？
緊急指令室へ戻ったひかりは、石川が撃たれる直前に、狙撃場所となった隣のビルの屋上に向かう重藤の姿が防犯カメラに映っていたことを知る。重藤が久遠と繋がっている可能性に、言葉をなくすひかりたち。港東署には特別捜査本部が立ち上がり、捜査一課が主導となって重藤の捜索が始まる。
そんな中、ECUに『これから人が殺される』という不審な１１０番通報が入る。通報者の声は、なんと久遠！不敵に笑うその声は、人を殺すのは自分ではなく、重藤だと告げる。重藤に殺人を犯させることで、久遠はひかりを絶望の淵へ突き落とそうとしていた……。果たして、ECUは重藤を止めることができるのか！？そして久遠の真の目的とは……。
事件が慌ただしい展開を見せる中、樋口は一人、病院で無線のやりとりを聞いていた。傍らには息を引き取った石川の遺体が。相棒の死を受け入れられない樋口は、ひかりからの無線の呼びかけにも答えず、絶望に沈む……。
そんな中、ECUは重藤の乗った車両の所在を特定。ひかりは自ら緊急指令室を飛び出し、重藤が向かった現場のビルへと向かう。ビルの地下から微かに聞こえた男性のうめき声をたどり、階段を下りていくと、男に銃をつきつけ、車に乗せようとしている重藤を発見する！重藤に男を解放するよう迫るひかり。しかし、次の瞬間、重藤はひかりに向け発砲！男を連れて車で逃亡する。
呆然ととり残されたひかりには、重藤が拉致した男に心当たりがあった。男は、１年半前に亡くなった重藤の妹・恵美が交際していた佐野雅弘。恵美は佐野とのトレッキング中に崖から転落し、事故死していた。恵美の解剖結果が書かれた検案書に目を通したひかりは、ある疑惑を胸に、解剖が行われた病院へ。そこは久遠の職場で……。
ひかりは、当時解剖を担当した福田に真相を迫る。恵美の解剖が行われるはずだった日、業務に追われた福田は、実際には解剖をしていないにも関わらず恵美の検案書を作成していたことがわかり……。検視を行った警察官に確認すると、恵美の体には不自然な痣があったことが判明する。さらに、佐野は恵美と交際していた当時から別の女性とも交際をしていたことが発覚。佐野が恵美を邪魔に思い殺害した可能性が強まる。その事実に気づいた久遠は、重藤の憎しみに火をつけ、妹の復讐をさせようと企んでいたのだ。
ひかりは病院の樋口のもとへ。協力を仰ぐが、石川の死に沈む樋口は心を閉ざす。しかしその時、突然廊下から石川の声が聞こえる。
「落ち込んでるんだって？元気出せって！」
声に誘われ廊下に出る二人。そこでは、大樹がかつて石川から送られた応援のビデオメッセージを見ていた。ビデオの中で石川が大樹にかけた言葉は、樋口の心にも突き刺さり……。再び瞳に光が宿った樋口は、石川のためにも必ず久遠を捕まえることを誓う！
樋口は、石川の狙撃犯がいたビルの屋上へ。狙撃場所を入念に調べると、配管の中から分解されたライフルが見つかる。狙撃の直後に屋上から逃走した重藤にはライフルを分解している時間はなかったはず。銃を解体し、久遠を逃すことができた人物は、捜査員の中にいることがわかる！
その頃、重藤は、恵美が亡くなった渓谷のコテージで、佐野に妹殺しの自白を迫っていた。追い詰められた佐野は、妊娠した恵美に暴力を振るい、その後崖から転落させたことを告白。怒りに燃える重藤が銃の引き金を引こうとしたその時、ひかりが突入！重藤の肩を撃ち、まっすぐに重藤を見据える。その視線に射抜かれて、重藤は力なく腕を下ろす……。現場に駆けつけた樋口から問い詰められた重藤は、石川を撃ったのは自分ではないことを告白する。
そんな中、狙撃事件直後の避難誘導時に、防犯カメラに一切映らないように行動していた捜査員が発覚する。その人物こそ、久遠との内通者。樋口が拳銃を向けたその内通者は……なんと捜査一課で通孝の下についていた片桐だった……！