2015年夏、東京都立川市で起こった通称「立川事件」。
あれから1年――
ベルク・カッツェが爾乃美家累のNOTEを抜くことで授けられた力であり、人間の精神が実体化した存在であるクラウズは、 あの日以来誰でも使うことができるものとして広く普及していた。
それを容認、推進するのは日本の総理大臣である菅山誠太郎である。

しかし、クラウズをよく思わない人々は菅山の政策に不安と不満を持って過ごしていた。
そんなある日、菅山を乗せた総理大臣機が謎の集団によって襲撃される。
翼を持つ戦士たちの次なる戦いが、新たに動き出す。