警察署を襲撃したガスマスクの男ら約100人の武装集団。混乱の中、喜志殺害の疑いをかけられた遊佐清春（賀来賢人）は才門要（井浦新）の手引きで逃走。追う警察は清春を全国指名手配にかける。
清春は逃亡生活の中で碓氷薫（広末涼子）の告白が脳裏にフラッシュバックする。
「十億円強奪事件の真犯人は…私よ」
これまで追いかけてきた「十億円強奪事件」と「碓氷薫殺害事件」の接点
それがまさかの碓氷薫自身がその真犯人だったという真相に繋がる。
これにより謎は一層深まる。
ではなぜ碓氷薫は殺害されたのか……。そして手を下した人間は誰なのか……。
ニッポンノワールの拠点を探る清春は、半グレ集団ベルムズと警察が癒着している疑いを知る。また複数のベルムズメンバーが警察病院で相次ぎ失踪しているとの情報を得て才門と共に潜入を試みる。
こうした中、克喜（田野井健）が服用している薬は未認可の劇薬と判明。
徐々に鮮明になる清春の記憶。
そして、徐々に組織の輪郭が見え始めたニッポンノワール。
全ての謎と伏線がこの瞬間から明らかに。第２部「※※編」、ここに開幕！