PART1
2001年12月30日放送
「ケネディ暗殺の真犯人は誰だ！」
伊能警部は着任早々、時空班最大の難事件「ケネディ暗殺」に着手する。
伊能の父は元時空班で、この事件を捜査中に殉職した。伊能の目の前で殺害される容疑者オズワルド。伊能はケネディ暗殺にCIAが関与していることを突き止める。
しかし、真相究明を恐れたCIAの魔の手が伊能に襲い掛かる！
「タイタニックは計画的に沈められた！」
東大出身の霧山巡査部長（篠原涼子）は1912年のタイタニック号沈没事故の疑惑に迫る。
タイタニック号にはオリンピック号というそっくりの姉妹船が存在した。運営会社のホワイト・スター社が、修理費ばかりかさむオリンピック号をタイタニックとすり替えて、保険金狙いの事故を起こしたのではないだろうか？
「信長暗殺の黒幕を追え！」
歴史マニアの時澤巡査は本能寺の変の真相究明に出動する。
織田信長を自害に追いこんだ明智光秀。その直後、秀吉との決戦に敗れ、敗走中に農民に討ち取られたと歴史は語る。
しかし、その農民の証言があやしい。光秀は本当に死んだのか？徳川幕府の黒幕、天海との関係性が浮上する。光秀は逃げ延びて、天海となって歴史に復活したのではないのか？
「ヒトラーは生きていた」
1945年、ソ連軍に包囲されたベルリンの地下壕で、ヒトラーが自殺した。
しかし、死体は替え玉、立ち会ったナチス側近達の証言さえ食い違っており、ヒトラー南米逃亡説、さらに南極秘密基地説まで飛び交っていた。ヒトラーは本当に死んだのか？
広瀬巡査部長は、全てのカギを握る、「ボルマンの日記」を手に入れる。ヒトラーの死んだ日、そこには不思議な文字が書かれていた。
「義経はジンギスカンになったのか？」
12世紀末、兄・頼朝に追われた義経は、平泉で殺害された。山神警部補は平泉で聞きこみをしているうちに不思議な証言を耳にする。義経にうりふたつの男が、殺害日を境に消えたというのだ。義経の身代わりになったのか？
山神は北上をするにしたがって、義経の痕跡を次々と発見する。このまま行くと、もしかしたらモンゴルまで？しかし足取りは、北海道でぷっつりと途絶えてしまう。しかし…。
PART2
2002年12月25日放送
「マリリン・モンロー死の真相」
広瀬巡査部長と風間巡査はマリリン・モンロー死の真相を解明すべく、1962年のロサンゼルスへ。
睡眠薬による自殺と結論づけられてはいたが、「赤い日記」が行方不明になっていたり、睡眠薬を飲むためのコップがなかったりとあまりにも疑惑が多かった。捜査線上にふたりの容疑者が浮かぶ。ロバート・ケネディ司法長官とモンローの精神科医グリーンソンだ。
しかし、モンローを殺害する動機がみつからない…。
「徳川家康は二度死ぬ」
大阪夏の陣のあと、徳川家康は人が変わった。炎上する大阪城から、必死の思いで最愛の孫娘・千姫を救出したのはいいが、その後、いっさい会おうとはしなかった。
山神警部補と時澤巡査は大阪夏の陣での家康の危機的状況を聞きこんだ。真田幸村の猛攻を受けた家康は、駕籠に乗って退却する。
その時、一発の銃弾が駕籠を貫いた！
「三億円事件の真相」
伊能警部は1968年の世田谷にいた。思い出…それは幼少の頃、三億円事件のモンタージュ写真にそっくりな男と出会った時のものだ。男は突然姿を消した。いったいどこに消えたのか？記憶をたぐり寄せるように、伊能は謎の男と対峙する。
そうだ、この男を忘れなかったのは当時、モンタージュ写真がやたらあちこちに貼ってあったせいだ。しかし、警察上層部は時空班の捜査を妨害しようとする。
どうやら三億円事件に、今の警察幹部が絶対明らかにされては困るカラクリが存在するようなのだ。
PART3
2003年12月28日放送
「忠臣蔵！ 300年目の真実」
主君の敵討ちの美談として名高い「忠臣蔵」。
しかし、この事件には謎が多い。四十七士で討ち入りながら戦死者ゼロのはずなのに、泉岳寺に残る赤穂浪士の墓は四十六のみ。いったい消えたひとりはどこに行ったのか？
伊能はその謎を追って、討ち入り真っ最中の吉良邸へタイムスリップする。そこで吉良上野介から驚くべき事実を聞く。吉良には討ち入りされる心あたりがないらしい。増上寺の畳変え、烏帽子大紋と長裃を逆さに教えたなど、あの名高い浅野内匠頭に対するイジメの数々はいったいなんだったのか？伊能は、消えた赤穂浪士を追っていくうちに信じられない歴史の真実を目の当たりにする！
「ヒンデンブルク号爆発事故はテロだった？」
1937年、ドイツ・フランクフルトからアメリカ・レークハーストに向かったナチスドイツの豪華飛行船ヒンデンブルク号は、着陸直前、大爆発を起こす。タイタニック号沈没と並ぶ20世紀最大の事故といわれている。
これは帯電した静電気が水素に引火して起こった事故と結論づけられているが、実はナチスドイツの権威を落としいれるためのテロではないかとの疑惑が浮かぶ。広瀬は爆発直前のヒンデンブルク号に乗り込んだ。
爆発15分前、未来の運命を知っているのは広瀬だけ。何も知らない乗客達の中を捜査していくなかで、広瀬は思いもよらない容疑者と出会う。
「なぜ聖徳太子は暗殺されたのか？」
一万円札の肖像画で有名な聖徳太子。十七条憲法を制定したり、遣隋使を派遣したりと、優秀な政治家として、仏教の聖人として教科書ではおなじみだが、その実像はあまり知られていない。聖徳太子とは死後、その偉業を称えて贈られた名であり、当時は厩戸皇子と呼ばれていた。その聖徳太子が暗殺されたとの疑惑がある。
時澤は新人の真田巡査を連れて飛鳥時代に飛ぶ。その時代、蘇我氏や物部氏などの有力な豪族が、宗教を巡って、血で血を洗う殺戮を繰り広げていた。いったい、誰が何のために聖徳太子を殺したのか？時澤と真田は聖徳太子の意外な過去を知ることになる。
「真珠湾攻撃 アメリカは知っていた？」
1941年12月7日早朝、6隻の空母に載った350機の日本の攻撃機が、ハワイ・オアフ島の真珠湾を奇襲した。不意打ちを食らったアメリカ太平洋艦隊は、ほぼ全滅に近い大被害を被った。
しかし、時の大統領ルーズベルトは日本の奇襲攻撃を知っていたふしがある。もし、知っていたのならそれをどうして知ったのか？そしてなぜ、それをハワイに教えなかったのか？
山神と風間は奇襲攻撃二日前のホワイトハウスを訪れる。そこで大統領顧問ハリー・ホプキンスと出会う。彼こそ真実の全てを知る男だった。しかし、山神は突然、真珠湾攻撃をやめさせよう、歴史を変えようと言い出す。いったいなぜ？
PART4
2004年9月29日放送
「織田信長の死体は消えていた！ 本能寺の変 黒幕は誰だ!?」
戦国の世を制した織田信長は、家臣明智光秀の謀反によってこの世を去る。1582年「本能寺の変」。しかしどの記録でも信長の遺体は無かったというのだ。信長は如何にして死んだのか？本能寺の真相を探りに時空を飛んだ二人。
そこで二人は、信長のカリスマ性に圧倒される。「天下布武」信長を戦国の覇王へと導いた財力と武力の謎が次第に明かされる。そして本能寺が只のお寺ではなく、武器の中継基地だったという真実、そして明智光秀もある陰謀に利用されていたという事実。
誰が一体 本能寺の変の黒幕なのか?!
ついに時澤と風間の二人は、信長と共に事件当日を迎えてしまう…。
「安倍晴明は国家転覆を謀っていた!?」
「大鏡」によれば、陰陽師として名高い安倍晴明が天皇を失脚させ、国家を転覆させようとしていたのでは？という記録があった。
早速平安の世に訪れた広瀬は、晴明の門を叩く。次々と起こる奇怪な出来事。ついには、広瀬の身を狙う天狗達。安倍晴明の出生の謎が明らかになる内に、晴明の遠大な野望が見えてくる。
魑魅魍魎、怨霊渦巻く平安時代、安倍晴明と広瀬が対決する。
「坂本龍馬暗殺犯を探せ!!」
慶応三年十一月一五日夜、幕末の英雄、坂本龍馬が暗殺された。日本史最大のミステリーについに時空警察が着手する。
暗殺の当夜、近江屋で山神は犯人一味を目撃する。新撰組それとも京都見廻組なのか？龍馬最愛の妻おりょうと共に山神の捜査のメスは、明治新政府へと向けられる。
西郷隆盛、大久保利通。かつて坂本龍馬と盟友であった人物たちから意外な真実が明かされる…。
「伊藤博文暗殺事件 隠された狙撃者」
1909年ハルビン駅で初代内閣総理大臣 伊藤博文がテロリストの凶弾に倒れた。
犯人は朝鮮の独立運動家・安重根。しかし…！「犯人は二人以上いた。」と証言した人物がいた伊藤の随行員 室田義文である。暗殺当日のハルビン駅に降り立った伊能。安とは別の狙撃犯は、一体何処にいるのか？刻々と暗殺の瞬間が迫る。走る伊能。しかし…。
伊藤博文の検死にまつわるミステリー。次々と隠蔽される事実…。一体どんな力が、何者の企てが？死刑台へとむかう安重根の言葉に伊能は歴史の無情さを知る…。
PART5
2005年1月5日放送
「史上最悪の大虐殺 豊臣秀吉 VS 時空警察」
天下人として知られる豊臣秀吉（加藤茶）。
そのトレードマークは、“千成瓢箪の馬印”。
このマークは豊臣家滅亡とともに消えたとされている。ところが、1637年に起こったキリシタン一揆・島原の乱で、若干16歳の美少年とされる総大将・天草四郎の肖像画に、豊臣秀吉と同じマークが描かれていた！
豊臣秀吉、天草四郎（須賀貴匡）、この二人を結ぶものとは一体何なのか？
そして、80兆円とも言われる豊臣家の財宝と秀吉の命を狙う石川五右衛門（金山一彦）も登場！ 太閤秀吉の時代へ、島原の乱の真っ只中へ、時空班は二面捜査で歴史の闇に挑む。
さらに今回、文部科学省は時空班に対し、教科書に書かれている歴史の真実を捻じ曲げているとの疑いを持ち、監査役として、教科書企画課課長の南響子（川原亜矢子）を捜査に同行させるために送りこんできた。
南が目の当たりにする歴史の真実とは？
「ヒトラーをつくったのは誰だ？」
20世紀最大の独裁者、そして史上最大の悪魔と呼ばれるアドルフ・ヒトラー。1930年代、ナチス党の党首として、さらにはドイツの最高権力者として世界中に名を知らしめた。
なぜ、あれほどまで民衆を引きつけ、独裁的権力を握り、そして空前のユダヤ人大虐殺を行う悪魔に変身していったのか？
そこには、あるターニングポイントあった！
ヒトラーがまだ若かりし日、毒ガスで目が見えなくなった彼は、病院に運ばれる。そこでヒトラーは、診察前と診察後では明らかに別人格の人間となっていた。一体、どんな診察が行われていたというのか？
そして、風間巡査はヒトラーの独裁がまさに始まろうとする1930年代、当時ベルリンにいた日本人であり、美人画の巨匠でもある竹久夢二に会う。さらに、ヒトラーについての予言を次々と的中させる謎の男ハヌッセン。
時空刑事たちは、歴史の闇に隠されていたヒトラーの秘密へと近づいていく。