日本全国で大規模な停電や通信障害が発生！その原因は官民一体となって開発されているAGI（汎用人工知能）「メーティス」による暴走と考えられた。小比類巻（ディーン・フジオカ）と最上（岸井ゆきの）は詳しい原因を探るため、「メーティス」が格納されているデータセンターへ出動する。「メーティス」との直接交渉に踏み切った二人であったが、「メーティス」は次々と国内の重要インフラシステムへ侵入。日本国民を人質に取った「メーティス」は、小比類巻たちにある不可解な要求をし始める…。

科学犯罪対策室VS最強AGI「メーティス」！はたして小比類巻ら科学犯罪対策室は、この未曽有の危機を防ぐことができるのか！？