コナン、蘭、小五郎は虎田家当主・直信から、平次と和葉は龍尾家当主・為史から依頼を受け、長野県を訪れる。いがみ合う両家では事件が発生。転落死した息子・義郎を見殺しにした犯人が龍尾家の者だと考える虎田家と、それを逆恨みして息子・康司が殺害されたと考える龍尾家。聞き込み中に合流したコナンたちは、長野県警の大和敢助刑事に出会う。遺体の脇に置かれるムカデの意味とは? 鎧武者が現れ、新たな事件が発生するーー。