東都総合病院で“女帝”と名高い脳神経外科医の 深山 （ みやま ） 瑤子 （ ようこ ） （天海祐希）は、脳外部長の 今出川 （ いまでがわ ） 孝雄 （ たかお ） （三浦友和）から、新しく赴任する３人の脳神経外科医のまとめ役を押し付けられ、ストレスを抱えていた。

“世界のクロイワ”の異名を持つ世界的名医だが私生活では女癖の悪さで有名な 黒岩 （ くろいわ ） 健吾 （ けんご ） （椎名桔平）、外科とカテーテルの二刀流で三度の飯よりオペが好きな 西郡 （ にしごおり ） 琢磨 （ たくま ） （永山絢斗）、そして医学部を首席で卒業した自信家だが現場での実力が伴っていないことに自覚のない専門研修医の 小机 （ こづくえ ） 幸子 （ さちこ ） （広瀬アリス）。

この日、赴任早々、急患の対応を任されフリーズした幸子の前に現れた深山は、的確な判断と鮮やかな腕で患者の危機を救う。一度傷つけば取り返しのつかない“脳”を扱う脳神経外科は執刀医の腕が全て。深山は現場で使い物にならない幸子に早速苛立ちを覚える。さらにナースたちの間では腕の立つ“トップナイフ”である黒岩と西郡が“女帝”と衝突するだろうと噂されており……。

そんな中、深山は黒岩がオペを担当する脳腫瘍患者の妻・宅間みどり（堀内敬子）から「もっとしっかり患者を診てくれる先生に手術をやってもらいたい」と急遽オペの中止を頼まれる。これまでの経過を診てきた深山が代わりにオペを請け負うものの、みどりの反応はなぜか冴えない。さらに深山は簡単に自分の患者のオペを譲る黒岩と、患者との向き合い方をめぐって衝突！黒岩にライバル心を燃やす西郡がサポートに入り、宅間浩のオペが行われることになる。だがオペ直前、“ある秘密”を抱えたみどりが再び手術の中止を申し出る……。