夏を迎えた桜花ゼミナール吉祥寺校では、中学受験の天王山とよばれる夏期講習が始まる。「夏は学力を上げる最後のチャンス。これを逃したらもう二度と挽回できる機会がないと思ってください」という校長・黒木蔵人（柳楽優弥）からの激励。そんな中、桂歌子（瀧内公美）は佐倉麻衣（井上真央）に、暑さや緊張から子供たちに起きるトラブルの対処法を手ほどきする。

一方、夏期講習中にΩクラスの島津順（羽村仁成）とＡクラスの上杉海斗（伊藤駿太）の取っ組み合いの喧嘩が発生。自習室で勉強していた海斗に対し、暴言を吐いた順。その言葉にカッとなった海斗が我慢できずに手を出してしまったという。その後も反省の様子のない順を咎める佐倉だったが、黒木はそれを制し、「明日からはΩ専用の自習室を用意します」と、順を優遇するかのような対応…。

そんな順の両親は教育熱心で、特に父・弘（金子貴俊）は日頃から桜花のカリキュラムを否定し、自己流の勉強方法を順に押し付けている。ある日、順に実際の入試問題を解かせた弘は、半分もできていない結果に激昂。いつものように母・優子（遠藤久美子）に怒りを向ける様子を見て、順はすっかり怯えてしまう。

その翌日、順の弁当を届けに桜花を訪れた優子。しかし、朝に家を出たはずの順は塾には来ておらず、その後の行方が分からないという。すぐさま順を捜しに行こうとする佐倉だったが、黒木によると既に順を捜しに出た人物がいるという…。