大学3年の時に理工学部から法学部に移ったという拓（たく）（坂口健太郎）の珍しい経歴を聞いた楓（かえで）（川口春奈）。
その頃から拓を知る湯布院（ゆふいん）（志賀廣太郎）は弁護士を目指す前の拓は今とは正反対の性格だったと話すが、拓が変わったきっかけについてはお茶を濁す。
そんな中、聡子（さとこ）（市川実日子）が青ヶ島病院の看護師・白山（しらやま）美紀（みき）（青野楓）を連れてくる。美紀は、手術中に人工心肺が停止し患者が亡くなった医療ミスの責任を問われて逮捕された執刀医・雲仙（うんぜん）（平岳大）の冤罪を晴らしてほしいと懇願する。実直な雲仙に思いを寄せる美紀は、院内の内部告発が決め手となり雲仙一人に罪がなすりつけられたことを不審に思っていた……。

早速雲仙に接見した拓と楓は、雲仙が遺族側に直接説明したいと何度も頼んでいたにも関わらず、病院に止められていたことを知る。患者を救えなかった事実に変わりはないと自らを責める雲仙だが、拓は遺族のためにも事実関係を明らかにすべきだと弁護を持ちかける。
早速、雲仙の同期で出世頭の医師・磐梯（ばんだい）（山本耕史）を訪ねた拓と楓、穂香（ほのか）（趣里）は病院が遺族に送った内部調査報告書を手に入れ、現場調査を開始。手術に立ち会ったスタッフの話も聞きたいと頼む拓だが、磐梯から急患が多いという理由で断られてしまう。

拓は内部調査報告書を手に再び雲仙に接見。その内容を見た雲仙は、愕然とする……!!病院側は雲仙個人の医療ミスとして事態を終息させるため、雲仙の指示ミスに見えるような嘘の記載をしていたのだ。拓たちは人工心肺の電源が何の前触れもなく落ちたと話す雲仙の話を元に、電源が落ちた原因を探ることに。しかし、その前に立ちはだかったのはなんと別府（べっぷ）所長（杉本哲太）と登別（のぼりべつ）（正名僕蔵）！人工心肺メーカーと顧問契約している保駿堂事務所がメーカーの機械トラブルを暴けば、事務所にも大損害が及んでしまうという。拓は事務所の不利益になる結論を出せば解雇されるのを承知の上で、徹底的な真実の追究を誓う。
そんな中、雲仙の起訴が確定する。病院内の関係者が上からの圧力に怯えて証言を拒否する中、手術に立ち会った研修医・赤城に裁判での証言をしてもらえるよう取り付ける拓。しかし、裁判当日に赤城と連絡がつかなくなり、弁護側の証人尋問は中止になってしまう！実は赤城が病院に不利な証言をすることを知った磐梯が裏で手を回していたのだ。磐梯が病院を改革するために、隠蔽工作を受け入れてでも上にいこうとしていることを悟った雲仙は、磐梯にある物を渡してほしいと頼む。それは病院の改善点をまとめたデータが入った雲仙のPCのパスワード。現場の医師と出世組の医師という違う立場ながらも、同期の雲仙と磐梯が若い頃から語り合っていた「病院の古い体質を変えたい」という思いは同じ。拓は雲仙の「必ずトップに立って、病院を改革してほしい」という伝言を磐梯に伝える。
裁判で打つ手がなくなった拓は、病院で入院患者から洗濯室の場所を尋ねられる。故障中の洗濯機を前に病院の設備に不満を漏らす患者たちは、病室のテレビが突然壊れコンセントを差し替えたら直ったと話す。それはちょうど雲仙の手術があった3ヶ月前の雨の日の出来事。話を聞き、雨の中突然屋上に飛び出した拓は、あることを確信する。
東央大学で再び科学者の秋保（あきう）（藤木直人）の協力を得た拓が用意したのは、なんと人工的な雷を発生させる装置などが並んだ大規模な実証実験だった！
そして迎えた裁判の日。拓は実証実験の映像を交えて、手術のあった日に病院内の複数の電子機器に異常が発生したことを指摘する。雷雨のあったあの日、避雷器が機能していなかった青ヶ島病院では『逆流雷』という現象により電気系統に影響が出たのだ。さらに聡子の取材協力を得て集めた落雷の周囲1キロ圏内の建物でも同様の現象が起きていたという証拠を提出。拓は、避雷器の交換費用を渋っていた病院側が、管理不備により発生した事故を現場の医師になすりつけようとしたとして、雲仙の無罪を主張する。
しかし判決の日、雲仙に下されたのは、懲役1年執行猶予3年の有罪判決……!!固まる拓と楓を前に、裁判長は弁護側の主張が推測の域を出るものではなく、避雷器の不備があったとしても被告人の注意義務違反に起因する事故だと結論づける。患者を救えなかったことは事実だと判決を受け止めた雲仙は控訴を諦める。
その帰り、拓は遺族から、被害者が亡くなったのは雲仙のミスなのか病院側の責任なのかと問われる。検察官の指宿（いぶすき）（小市慢太郎）からは、拓がしたことは遺族の怒りの対象をブレさせただけだと言われ激しく落ち込む。
その後、青ヶ島病院では磐梯による病院の改革が始まり、雲仙は心機一転医療過疎地で地域の手伝いをすることに。楓は、裁判に負けて以来部屋にこもって公判記録を何度も読み返している拓に代わって秋保の元に謝罪に訪れる。学生時代に拓が弁護士を志すことになったきっかけを訪ねた楓に、秋保は知っているが話したくないと言い、知りたいのなら拓の父で最高検の次長検事・真を調べろと話す……。